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基因分离规律是一对等位基因的遗传规律，描述等位基因分离的情况；基因自由组合规律是两对或多对等位基因之间的遗传规律，属于非等位基因组合的情况。
基因分离规律与自由组合规律的区别一、研究特点：
基因分离规律：1对；
基因自由组合规律：2对或n对（n>2，下同）。
2、等位基因对的数量：
基因分离规律：1对；
基因自由组合规律：2对或n对。
3、等位基因与染色体的关系：
基因分离规律：位于一对同源染色体上；
基因自由组合规律：位于两对或多对同源染色体上。
4. 细胞学基础（染色体活性）：
基因分离规律：第一次减数分裂后期，同源染色体分离：
基因自由组合规律：减数分裂先在二次分裂后期，非同源染色体自由组合；在第一次减数分裂前期，同源染色体的非姐妹染色单体发生交叉交换。
5.继承的本质：
基因分离规律：等位基因分离：
基因自由组合规律：非等位基因在非同源染色体上的重组互不干扰。基因分离规律与自由组合规律的关系1、配子形成时，两个基因的规律同时作用。
在减数分裂期间，同源染色体上的等位基因必须分离；而等位基因是分离的，非同源染色体 2.分离规律是遗传最基本的规律，也是自由组合规律的基础。
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