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南京最好的大学名单有南京大学、东南大学、南京理工大学、南京理工大学、南京师范大学等。
1、南京大学：全国排名第6
2、东南大学：全国排名第23
3、南京理工大学：全国排名35
4、河海大学：全国排名40
5、南京师范大学：全国排名40
6、南京农业大学：全国排名42
7、南京航空航天大学：全国排名46
8、陆军工程大学：全国排名83
9、南京林业大学：全国排名87
10、南京工业大学：全国排名88
南京市大学排名
| 序号 | 学校名称 | 全国排名 | 星级排名 | 办学层次 |
| 1 | 南京大学 | 6 | 8★ | 世界一流大学 |
| 2 | 东南大学 | 23 | 7★ | 世界知名高水平大学 |
| 3 | 南京理工大学 | 35 | 6★ | 世界高水平大学 |
| 4 | 河海大学 | 40 | 6★ | 世界高水平大学 |
| 5 | 南京师范大学 | 40 | 5★ | 中国一流大学 |
| 6 | 南京农业大学 | 42 | 5★ | 中国一流大学 |
| 7 | 南京航空航天大学 | 46 | 5★ | 中国一流大学 |
| 8 | 陆军工程大学 | 83 | 5★ | 中国一流大学 |
| 9 | 南京林业大学 | 87 | 5★ | 中国一流大学 |
| 10 | 南京工业大学 | 88 | 4★ | 中国高水平大学 |
| 11 | 中国药科大学 | 105 | 5★ | 中国一流大学 |
| 12 | 南京医科大学 | 114 | 4★ | 中国高水平大学 |
| 13 | 南京中医药大学 | 129 | 5★ | 中国一流大学 |
| 14 | 南京邮电大学 | 131 | 4★ | 中国高水平大学 |
| 15 | 南京信息工程大学 | 132 | 4★ | 中国高水平大学 |
| 16 | 南京艺术学院 | 202 | 5★ | 中国一流大学 |
| 17 | 南京财经大学 | 216 | 3★ | 区域一流大学 |
| 18 | 南京审计大学 | 266 | 3★ | 区域一流大学 |
| 19 | 南京工程学院 | 268 | 2★ | 区域高水平大学 |
| 20 | 南京体育学院 | 330 | 4★ | 中国高水平大学 |
| 21 | 金陵科技学院 | 353 | 1★ | 区域知名大学 |
| 22 | 南京晓庄学院 | 357 | 1★ | 区域知名大学 |
| 23 | 江苏警官学院 | 398 | 3★ | 区域一流大学 |
| 24 | 江苏第二师范学院 | 452 | 1★ | 区域知名大学 |
| 25 | 南京森林警察学院 | 464 | 3★ | 区域一流大学 |
| 26 | 南京特殊教育师范学院 | 499 | 1★ | 区域知名大学 |
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