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南京医科大学王牌专业有护理学、口腔医学、康复治疗学、临床医学、预防医学等，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
| 序号 | 专业名称 | 类别 |
| 1 | 生物医学工程 | 国家级 |
| 2 | 临床医学 | 国家级 |
| 3 | 儿科学 | 国家级 |
| 4 | 口腔医学 | 国家级 |
| 5 | 预防医学 | 国家级 |
| 6 | 药学 | 国家级 |
| 7 | 眼视光学 | 国家级 |
| 8 | 护理学 | 国家级 |
| 序号 | 专业名称 | 类别 |
| 1 | 应用统计学 | 省级 |
| 2 | 法医学 | 省级 |
| 3 | 基础医学 | 省级 |
| 4 | 医学影像学 | 省级 |
| 5 | 临床药学 | 省级 |
| 6 | 康复治疗学 | 省级 |
| 7 | 卫生检验与检疫 | 省级 |
| 8 | 医学检验技术 | 省级 |
| 9 | 生物信息学 | 省级 |
| 10 | 公共事业管理 | 省级 |
国家特色专业：护理学、口腔医学、康复治疗学、临床医学、预防医学
南京医科大学开设专业名单
学院 | 依托医院 | 本科专业 |
|---|---|---|
马克思主义学院 | ||
基础医学院 | 基础医学（九年，天元创新班） 基础医学（五年） 法医学（五年） | |
公共卫生学院 | 预防医学（九年，天元创新班） 预防医学（五年） 卫生检验与检疫（四年） 应用统计学（四年，生物统计学） | |
药学院 | 临床药学（五年） 药学（四年） | |
护理学院 | 护理学（四年） | |
生物医学工程与信息学院 | 生物医学工程（四年） 生物信息学（四年） 智能医学工程（四年） | |
医政学院 | 公共事业管理（四年，卫生事业管理） 医疗保险（四年） | |
外国语学院 | 英语（四年） | |
继续教育学院、全科医学院 | ||
第一临床医学院 | 第一附属医院（江苏省人民医院） | 临床医学（九年，天元卓越班） 临床医学（5+3一体化） 临床医学（五年） 医学检验技术（四年） |
第二临床医学院 | 南京医科大学第二附属医院 | 临床医学（五年） |
第三临床医学院 | 附属南京医院（南京市第一医院） | |
第四临床医学院 | 附属脑科医院（南京脑科医院） 附属肿瘤医院（江苏省肿瘤医院） 附属妇产医院（南京市妇幼保健院） 附属老年医院（江苏省省级机关医院） 南京医科大学附属眼科医院 南京医科大学友谊整形外科医院 南京明基医院 | 精神医学（五年） 眼视光医学（五年） 放射医学（五年） 眼视光学（四年） |
口腔医学院 | 附属口腔医院（江苏省口腔医院） | 口腔医学（5＋3一体化） 口腔医学（五年） |
儿科学院 | 附属儿童医院（南京市儿童医院） 附属妇产医院（南京市妇幼保健院） 南京医科大学第二附属医院 | 临床医学（5+3一体化，儿科医学） 儿科学（五年） |
康复医学院 | 康复治疗学（四年） | |
医学影像学院 | 医学影像学（五年） 医学影像技术（四年） | |
康达学院 | ||
姑苏学院 | 附属苏州医院（苏州市立医院） 昆山市第一人民医院 | |
无锡医学中心 | 附属无锡人民医院（无锡市人民医院） 附属无锡第二医院（无锡市第二人民医院） 无锡市妇幼保健院 无锡市精神卫生中心 | |
常州医学中心 | 附属常州第二人民医院（常州市第二人民医院） 常州市第三人民医院 武进人民医院 常州市妇幼保健院 常州市第一人民医院 |
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