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牡丹江的本科大学共有2所，名单分别为牡丹江医学院、牡丹江师范学院，其中牡丹江医学院是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校,著名历史学家郭沫若先生题写了校名。
| 序号 | 学校名称 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 |
| 1 | 牡丹江医学院 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 本科 |
| 2 | 牡丹江师范学院 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 本科 |
牡丹江医学院简介
牡丹江医学院由1946年始建的牡丹江专区医院、1956年始建的黑龙江省卫生干部进修学校于1958年共同创建，是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校,著名历史学家郭沫若先生题写了校名。
1997年一次性通过教育部本科教学合格评价。2006年在教育部本科教学水平评估中，专家组给予了优秀评价。2010年被列为黑龙江省特色应用型本科高校。2012年被评为全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。2015年被授予“全国文明单位”称号，在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期，居地方医学院校领先水平。2016年在国家本科教学审核评估中获得专家组高度评价。2020年被选为黑龙江省特色应用型本科示范高校。
学校长期坚持“为农村办学，为基层服务”的办学方向，获得国家和社会的充分认可。“为农村培养乡土型医师的探索与实践”获国家级优秀教学成果特等奖。
学校占地面积77万平方米，建筑面积40万平方米，教学科研仪器设备总值1.97亿元，资产总值9.8亿元。
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