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1.招生对象的区别：自主招生的对象是具有学科特长和创新潜质的学生；强基计划的招生对象是综合素质优秀或基础学科拔尖的学生。
2.招生专业的区别：自主招生没有限定高校招生专业范围；强基计划重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业招生。
3.招生计划的区别：自主招生在高校本年度招生计划的5%以内招生，计划不分省；强基计划的招生计划分省制定。
4.入围依据的区别：自主招生入围高校依据主要是考生的申请材料；强基计划的入围高校依据主要是考生高考成绩，极少数在相关学科领域具有突出才能和表现的考生，有关高校可制定破格入围高校考核的条件和办法，并提前向社会公布。
5.录取方式的区别：自主招生采取降分录取的方式，最低可降至一本线。强基计划将考生高考成绩(不低于85%)、高校综合考核结果和综合素质评价等折算成综合成绩，从高到低顺序录取，体现对学生更加全面的考查。
6.培养方式的区别：相关高校对自主招生录取的学生在培养方式上没有特殊安排；强基计划录取的学生将实行小班化、导师制，并探索本—硕—博衔接的培养模式，畅通学生成长发展通道，实现招生培养良性互动。
什么是强基计划
强基计划主要选拔培养有志于服务国家重大战略需求且综合素质优秀或基础学科拔尖的学生。聚焦高端芯片与软件、智能科技、新材料、先进制造和国家安全等关键领域以及国家人才紧缺的人文社会科学领域，由有关高校结合自身办学特色，合理安排招生专业。要突出基础学科的支撑引领作用，重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业招生。建立学科专业的动态调整机制，根据新形势要求和招生情况，适时调整强基计划招生专业。
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