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山东农业工程学院共计开设24个专业，分别为国土资源管理、园艺技术、畜牧兽医、食品营养与检测、会计、土地管理、物流工程、遥感科学与技术、机械工程等，具体完整专业名单请看下表。
山东农业工程学院专业一览表
| 所在学院 | 序号 | 专业 | 科类 | 批次 | 学制 |
| 食品科学与工程学院 | 1 | 食品科学与工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 |
| 2 | 食品质量与安全 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 机械电子工程学院 | 3 | 电气工程及其自动化 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 |
| 4 | 机械电子工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 5 | 机械工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 信息科学与工程学院 | 6 | 物联网工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 |
| 7 | 信息安全 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 国土资源与测绘工程学院 | 8 | 测绘工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 |
| 9 | 土地资源管理 | 文理兼招 | 本科普通批 | 四年 | |
| 10 | 工程造价 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 11 | 遥感科学与技术 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 环境科学与工程学院 | 12 | 资源循环科学与工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 |
| 13 | 环境生态工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 14 | 动物医学 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 园林科学与工程学院 | 15 | 设施农业科学与工程 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 |
| 16 | 风景园林 | 文理兼招 | 本科普通批 | 四年 | |
| 17 | 园艺 | 理工类 | 本科普通批 | 四年 | |
| 经济管理学院 | 18 | 物流工程 | 文理兼招 | 本科普通批 | 四年 |
| 19 | 农林经济管理 | 文理兼招 | 本科普通批 | 四年 | |
| 20 | 金融工程 | 文理兼招 | 本科普通批 | 四年 | |
| 会计学院 | 21 | 审计学 | 文理兼招 | 本科普通批 | 四年 |
| 人文学院 | 22 | 商务英语 | 文理兼招 | 本科普通批 | 四年 |
| 艺术学院 | 23 | 视觉传达设计 | 艺术文理 | 本科艺术统考批 | 四年 |
| 24 | 数字媒体艺术 | 艺术文理 | 本科艺术统考批 | 四年 |
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