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昌吉职业技术学院王牌专业排名有药学、电气自动化技术、护理、机电一体化技术等，具体专业名单请参考以下表格。
高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018 年）认定骨干专业：药学、电气自动化技术、护理、机电一体化技术
| 专业名称 | 专业特点 |
| 电气自动化技术 | 自治区级特色专业 |
| 自动化生产设备应用 | 学院就业率高、社会声誉好的重点专业 |
| 电子信息工程技术 | 学院就业率高、社会声誉好的重点专业 |
| 机电一体化技术 | 中央财政支持的高等职业院校提升专业服务能力建设专业 |
| 机电设备维修与管理 | 自治区特色专业 |
| 机械制造与自动化 | 自治区首批示范校建设重点 |
| 焊接技术 | 国家高技能人才培训基地重点建设专业 |
| 电力系统自动化技术 | 自治区特色专业 |
| 电力系统自动化技术（清洁能源） | 自治区特色专业 |
| 热能动力设备与应用 | 自治区示范项目建设专业和重点建设专业 |
| 矿山机电 | 自治区涉煤人才紧缺建设专业 |
| 护理 | 自治区精品专业 |
| 助产 | 自治区精品专业 |
| 药学 | 国家首批中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业、新疆维吾尔自治区精品专业 |
| 医学检验技术 | 国家首批中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业、新疆维吾尔自治区精品专业 |
昌吉职业技术学院简介
新疆昌吉职业技术学院是经国家教育部批准成立的一所公办全日制普通高等职业院校，学院是新疆首批“示范性高职院校”，是新疆维吾尔自治区教育厅批准具有单独招生资格的高职（专科）院校之一。2017年8月，学院入选为教育部第二批现代学徒制试点单位。
学院是自治区首批高职专科示范校、自治区首个技工教育联盟理事长单位、自治区优质高等职业学校建设项目单位，先后荣获了“全国职业教育先进单位” 、国家首批高技能人才培训基地、“全国十佳办学单位”、“中国校园文化建设百佳示范学校”、“自治区开发建设新疆奖状” “自治区文明单位”“自治区职业培训先进单位”、“自治区就业先进单位”、“自治区文明单位”、“自治区依法治校示范校”、“自治区模范职工之家”、“自治区普通高校就业指导工作督导评沽优秀单位”、“自治区大学生思想政治教育优秀单位”、“昌吉州先进学校”、“昌吉州民族团结进步先进集体”等一系列殊荣。
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