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上海交通大学医学院（Shanghai Jiao Tong University School of Medicine）由中华人民共和国教育部、中华人民共和国卫生部和上海市人民政府共建，位列“211工程”、“985工程”、“双一流”，入选中国首批“卓越医生教育培养计划”，是国家级临床技能实验示范中心学科组长单位。
上海交通大学医学院前身是由圣约翰大学医学院、震旦大学医学院、同德医学院于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院；1985年，更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。
截至2013年12月底，学院拥有重庆南路、闵行、南汇三个校区，下设23个学院（系）、14所附属医院、1所卫生学校，开办10个本科专业（方向）；有教职医务员工22707名，专任教师634名；有在校学生6828名，其中本科及长学制学生2723名，研究生3842名，留学生263名。
上海交通大学医学院
2005年，上海交通大学、上海第二医科大学正式合并。新的上海交通大学为教育部直属高校，在原上海第二医科大学和原上海交通大学医学院基础上，组建上海交通大学医学院。教育部和上海市政府将合作共建上海交通大学医学院。同年，医学教育发展与研究中心、二医大生命医学伦理中心成立揭牌成立。附属宝钢医院改名为附属第三人民医院。上海市教委批准原上海第二医科大学卫生技术学院为独立设置的全日制高等学院—上海卫生职业技术学院，由上海市教委与上海交通大学医学院双重领导。6月，医学教育发展与研究中心对二医大二级学院及相关部处开展自2003年教学评估以来首次教育教学整改验收工作，验收采取发展性教学评价，对学校各方面所采取的措施及成效等内容进行验收。
2006年，医学院“十五”、“211工程”建设项目接受并通过专家组评审验收。同年，上海交大医学院数字医学研究院成立。上海交通大学人文与卫生管理学院（上海交通大学国药人文与卫生管理学院）更名为上海交通大学公共卫生学院。上海市精神卫生中心、中国福利会国际和平妇幼保健院正式成为上海交大医学院附属医院。
2007年，医学院妇产科学研究所、上海交通大学医学院上海干细胞研究所、医学院精神卫生学系、妇产科学系、儿科学系分别成立。上海交通大学医学院苏州九龙医院开业。医学院中法医学部、上海交通大学医学科学研究院分别举行揭牌仪式。
2008年，上海国际造口治疗师学校在医学院附属第九人民医院揭牌成立。本年度首次在学生中尝试中国国内外联合培养“MD+PhD”双学位研究生。
2015年，上海交通大学医学院附属卫生学校和上海市卫生学校合并组建成立上海健康医学院附属卫生学校。
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