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首先，两者相关的内容有所区别。即一流的学科和研究生教育有关；一流的专业，和本科教育有关。
其次，两者之间的构成不同。一流学科由特定和独特的研究领域、理论体系、研究方法构成；一流的专业，主要由其培养目标和课程体系等构成。
其三，两者之间的侧重点不同。一流学科把重点放在科学研究的领域；一流专业把重点多放在人才培养之上。
其四，两者之间的作用不同。即从培养人才的角度来看，学科起到的作用是间接的；而专业中的定位、目标、口径，以及在教学、实验中的设计、内容和开设、管理制度等等，都对人才的培养起着直接作用，学科无法做到。
一流学科简介
目前我国高等教育体系主要划分十二个学科门类，包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学。 “学科”是对相对独立的知识体系的划分，也就是在某些科学领域或一门科学专业内的细化，如自然科学中的物理学和生物学等。
我国高等教育的学科设置有三个层次，即“学科门类”、“学科大类（一级学科）”、“专业”（二级学科）；如经济学科下设理论经济学和应用经济学2个一级学科，理论经济学之下又设政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、世界经济、人口、资源与环境经济学等6个二级学科。
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