第一，教学性质不一样
中外合作大学，一般也都是国内公办大学和国外公办院校联合办学的项目，所以在性质上通常也都属于公办性质，与国内公办大学的区别是它的教学性质不一样。合办大学是国内与国外师资力量联合教学，学员可以享受到国际化教育，多数院校中外合作办学以国外教育为主，以国内教育为辅，二者相辅相成。
第二，所获证书不一样
公办大学和中外合作大学所获的证书也是不一样的。中外合作大学获得的证书是由国外院校颁发，尽管学员有可能是在国内学习，但学习这种中外合作的专业，毕业之后证书都由国外院校所颁发，所以这也能让学员不出国就能获得国外教育。
第三，学习过程不一样
国内公办大学和中外合作大学的学习过程也不一样。首先报考流程上，合作大学通常是免联考可以入学的，国内公办大学需要参加全国研究生考试；其次，中外合作大学的学习过程一般分为国内和国外两个阶段，也有一些院校全在国内学习、也有一些院校一直在国外学习，这就看学员是如何报考了；最后，证书获取的过程也是不一样的，一些国外院校学员在读之后，经过校内的考试和国外一些教育机构的测评考试，通过之后就能得到硕士，所以过程上相比国内研究生是有区别的，总体上来看合作办学更容易拿到证书。
中外合作办学是什么
中外合作办学：指外国法人组织、个人以及有关国际组织同中国具有法人资格的教育机构及其他社会组织，在中国境内合作举办以中国公民为主要对象的教育机构，实施教育、教学的活动。1995年1月26日国家教育委员会发布《中外合作办学暂行规定》，规定中外双方可以合作举办各级各类教育机构；中外合作办学，必须遵守中国的法律、法规，贯彻中国的教育方针，符合中国教育事业发展的需要和人才培养的要求，保证教育质量，不得以盈利为目的，不得损害国家和社会公共利益；国务院教育行政部门主管全国中外合作办学工作。
中外合作办学属于公益性事业，是中国教育事业的组成部分。国家对中外合作办学实行扩大开放、规范办学、依法管理、促进发展的方针。国家鼓励引进外国优质教育资源的中外合作办学。中外合作办学者、中外合作办学机构的合法权益，受中国法律保护。
中外合作办学机构依法享受国家规定的优惠政策，依法自主开展教育教学活动。中外合作办学必须遵守中国法律，贯彻中国的教育方针，符合中国的公共道德，不得损害中国的国家主权、安全和社会公共利益。