南京医科大学是双一流大学，有1个双一流建设学科，名单为公共卫生与预防医学。
江苏有16所大学入选第二轮双一流建设高校，其中就有南京医科大学，所以南京医科大学是双一流大学，不过只有1个双一流建设学科。
双一流建设高校共评选了2轮，首批建设高校140所，本次第二轮建设高校147所，其中山西大学、南京医科大学、湘潭大学、华南农业大学、广州医科大学、南方科技大学、上海科技大学为第二轮新入选的7所高校。
南京医科大学双一流学科建设名单
| 序号 | 学科名称 |
| 1 | 公共卫生与预防医学 |
江苏双一流建设高校名单
| 序号 | 学校 | 双一流建设学科 |
| 1 | 南京大学 | 哲学、理论经济学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理 |
| 2 | 苏州大学 | 材料科学与工程 |
| 3 | 东南大学 | 机械工程、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论 |
| 4 | 南京航空航天大学 | 力学、控制科学与工程、航空宇航科学与技术 |
| 5 | 南京理工大学 | 兵器科学与技术 |
| 6 | 中国矿业大学 | 矿业工程、安全科学与工程 |
| 7 | 南京邮电大学 | 电子科学与技术 |
| 8 | 河海大学 | 水利工程、环境科学与工程 |
| 9 | 江南大学 | 轻工技术与工程、食品科学与工程 |
| 10 | 南京林业大学 | 林业工程 |
| 11 | 南京信息工程大学 | 大气科学 |
| 12 | 南京农业大学 | 作物学、农业资源与环境 |
| 13 | 南京医科大学 | 公共卫生与预防医学 |
| 14 | 南京中医药大学 | 中药学 |
| 15 | 中国药科大学 | 中药学 |
| 16 | 南京师范大学 | 地理学 |