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中国科学技术大学、清华大学和中国科学院大学在“自然指数”排名中占据前三名。
1、中国科学技术大学
中国科学技术大学（University of Science and Technology of China），位于安徽省合肥市，是中国科学院直属的一所以前沿科学和高新技术为主，兼有医学、特色管理和人文学科的全国重点大学，中央直管副部级建制，由中科院、教育部和安徽省三方重点共建。
2、清华大学
清华大学（Tsinghua University），简称“清华”，位于北京市海淀区，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列国家“双一流”、“985工程”、“211工程”，入选“2011计划”、“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”，为九校联盟（C9）、松联盟。
3、中国科学院大学
中国科学院大学（University of Chinese Academy of Sciences），简称“国科大”，主校区位于北京市，是一所以科教融合为办学模式、研究生教育为办学主体的创新型大学，是国家“双一流”建设高校，入选“基础学科拔尖学生培养试验计划”，是环太平洋大学联盟。
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