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实验室贯彻“开放、流动、联合、竞争”的宗旨，十分重视对外开放、国内外学术交流与科技合作，并把它看作是提高研究水平、学术水平、管理水平和走向世界的重要环节。实验室在国际上的地位和影响也在不断提升，系列研究成果得到国际同行的认可，提出的动力、沉积、地貌综合分析与生物、化学过程相结合和宏观把握、微观量化的学术思想，以及解决实际问题的能力得到国际同行的赞赏。现实验室与美国、英国、荷兰、德国、日本、加拿大、韩国等相关研究机构保持着紧密的合作关系。参与了国际地圈生物圈计划(IGBP)、联合国科教文政府间海洋委员会（IOC）西太平洋分会通过大气间海洋输运项目、联合国环境署/国际水资源评估(UNEP/GIWA)、国际海洋生物地球化学和生态系统整合研究项目（IMBER）、中荷战略科学联盟计划、亚太全球变化研究网（APN）等多项研究计划，实质性的国际合作项目有7项，每年平均有5-6人次赴国外从事合作研究，每年有30多人次来实验室访问讲学、开展合作研究。从总体上来讲，实验室已从过去主要参与国际合作的角色转换到共同主持，部分合作项目则以我方为主的态势。近5年，实验室主（承）办5次国际及双边学术会议和8次国内学术会议，有107人次应邀参加国际会议并进行学术交流，7人次应邀作大会特邀或主题报告。实验室人员11个国际学术组织中任职，在4个国外刊物任编委。实验室在国际上已具有一定的影响。
据有关资料显示，资源与环境信息系统国家重点实验室主办了4次大型的国际会议，协办国际会议6次，其中空间数据处理国际会议是首次在亚洲召开，来自海内外的700多名地理信息系统专家与学者参加了会议；主办全国性学术会议5次、双边会议3次。邀请了68人次的国内外专家来资源与环境信息系统国家重点实验室进行学术讲座。该实验室研究人员参加国内外学术会议200多人次，受邀在国内外讲学80余次，其中大会特邀报告17次，主题特邀报告60余次。
据有关资料显示，资源与环境信息系统国家重点实验室和美国、加拿大、英国、德国、奥地利、日本、联合国环境保护署等13个国家和地区的机构建立了稳定、长期的科研合作，共同开展了不同规模的国际合作项目32项。在加拿大国际发展署的支持下（总经费230万加元），与加拿大多伦多大学、加拿大国际遥感中心等单位合作，共同开展了中国陆地碳循环研究，探索提高中国陆地碳库的能力的方法和措施。在美国国家宇航局（NASA）和中国国家科技部的支持下（总经费465万美元），与美国Auburn大学、Woods Hole生态系统中心、Boston大学等合作，共同开展陆地生态系统变化评价的基于多尺度遥感数据与实际观测数据的生物地球化学模型的研究，项目在基于空间信息模型地球过程模拟方面，取得了创新的研究成果。在世界渔业中心、联合国环境规划署、日本国立环境研究所和国家科技部的支持下（总经费2000万元人民币，其中人民币1200万元，美元100万元），结合中国西部开发，开展千年生态系统评价研究。
2004年，资源与环境信息系统国家重点实验室合作主持召开了7次国际会议、4次国内学术会议，协办1次国际会议；有80余人次参加了国内外学术会议，30人次出国考察访问，邀请了国内外16位著名学者来实验室讲学。举办、协办会议有：“国际地球信息科学与地理系统建模暨第5届北京国际地理信息系统学术会议”、“空间分析高级研讨班”、中加碳循环会议、地理信息科学技术和流域受害生态系统修复会议、中德“温带生态系统的保护与持续利用研讨会”、中德“城市气候环境与遥感监测技术研讨班”、中德“自然遗产、生态旅游与可持续发展研讨会”、国际“地理现象空间渐变详细定量和模拟”研讨会、“中国科学院地理信息技术与产业发展论坛暨SuperMap GIS新产品发布会”、“交通地理信息系统”学术研讨会议、全国地图学与地理信息系统学术会议、第八次全国水文学术会议。
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