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学校校本部设有16个本科专业，其中临床医学、麻醉学、医学影像学、预防医学、药学专业为国家特色专业。长学制专业为临床医学(“5+3”一体化)、临床医学(“5+3”一体化，儿科学硕士)、基础医学(“5+2”本硕连续培养)；五年制专业为生物技术、生物信息学、临床医学、麻醉学、医学影像学、儿科学、口腔医学、预防医学、临床药学、法医学；四年制专业为生物医学工程、药学、护理学、法学、公共事业管理。
基础医学类：基础医学、生物医学、生物医学科学等3个本科专业；
临床医学类：临床医学、麻醉学、医学影像学、眼视光医学、精神医学、放射医学、儿科学等7个本科专业；
公共卫生与预防医学类：预防医学、食品卫生与营养学、妇幼保健医学、卫生监督、全球健康学、运动与公共健康等6个本科专业；
中医学类：中医学、针灸推拿学、中医康复学、中医养生学、中医儿科学、中医骨伤科学、藏医学、维医学、蒙医学、哈医学、壮医学、傣医学、回医学等13个专业；
中西医结合类：中西医临床医学等1个专业；
药学类：药学、药物制剂、药事管理、临床药学、药物分析、药物化学、海洋药学、化妆品科学与技术等8个专业；
中药学类：中药学、中药资源与开发、蒙药学、藏药学、中药制药、中草药栽培与鉴定等6个专业；
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