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具体的来说没有什么不同
只不过XX医学院和XX医科大学说明这个学校是一个独立的学校，比如广州医学院，昆明医学院，广西医科大学等等。
而XX大学医学系（应该叫做XX大学医学院，“系”这种分类单位太小了，小到一个XX大学医学院可以由若干个系组成）说明这是一所综合大学，医学院只是这个学校的一个下级学院，比如北京大学医学部，中山大学医学院等等。
而有的时候，医学界的人会忽略了XX大学医学院的上级单位，直接叫做XX医学院，比如我们经常说湘雅医学院，而不是他的全称中南大学湘雅医学院
两种不同的名字跟学校本身的优劣是没有任何关系
医科大学与医学院的区别有：
1、实力不一样：医科大学，是比医学院整体实力更高的医学院校的命名，一般当一所医学院达到或超过医科大学的条件要求可以向当地教育厅和教育部申请升格为医科大学。
2、人数要求不一样：中国大陆境内的医科大学全日制在校生基本要求是规模在8000人以上，在校研究生数高于全日制在校生总数的5%。医学院则没有这个要求。
3、学科设计不一样：医科大学要求在人文学科（哲学、文学、历史学）、社会学科（经济学、法学、教育学）、理学、工学、农学、医学、管理学等学科门类中，拥有3个以上学科门类作为主要学科。医学院也没有这么具体的要求。
参考资料：
-医科大学
-医学院
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