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强基计划和综合评价的不同点招生专业不同
强基计划主要是基础学科的培养，即数学、物理、化学、生物、力学、基础医学、育种与历史、哲学、古文字学等相关专业。
综合评价招生并没有限定专业，从实际招录情况来看，很多专业都是院校的王牌专业。有些学校的个别专业只在综合评价招生，比如北外的一些小语种专业，只能通过综合评价招生的方式报考。
录取批次不同
强基计划通常在提前批之前完成录取。
综合评价在特殊招生批次或提前批录取，具体的志愿安排须以各省考试院的规定为准。
培养模式不同
强基计划通常单独编班，实行导师制、小班化培养，探索建立本-硕-博衔接的培养模式。
综合评价在培养模式上未作特别的安排。
院校层次
39所原985院校已全部开启强基计划招生，这也是我国层次最高的一批院校。
综合评价招生院校层次较为复杂，既有南京大学、浙江大学等原985院校，也有中国科学院大学、南方科技大学、北京外国语大学等优质双一流院校，也有普通双非院校，甚至专科院校。
强基计划和综合评价的相同点都有一定的升学优惠。综评和强基是以综合成绩高低进行录取，综合成绩包含高考成绩、校考成绩等，有机会低于该校高考录取调档线的分数进入名校。
招生院校层次都较高。强基计划的39所试点院校皆是985高校。综合评价招生包含了东南大学、浙江大学、中山大学等985高校，以及众多省属重点院校，还有上海纽约大学、昆山杜克大学等中外合办的院校。
对学习成绩要求较高。强基计划和综合评价都是以综合成绩进行录取，综合成绩都包括高考成绩，且高考成绩占比较大。强基计划高考成绩占比不得低于85%，综合评价高考成绩占比通常不得低于60%。
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